¿Sabes qué es el Darwin Core y cómo se relaciona con las Colecciones Biológicas?

Darwin Core y Bases de Datos Curatoriales

Para la realización de estudios sobre biodiversidad se han reconocido tres fuentes de datos básicas: las provenientes de colecciones biológicas y museos, la literatura especializada y el trabajo de campo reciente. En particular, los museos y las colecciones tienen la función de documentar y conservar los registros materiales de la biodiversidad; sus propósitos básicos son de servicio a la sociedad con educación progresiva e iniciativas de investigación. Sin embargo, existe una doble paradoja acerca de las colecciones biológicas: su uso produce deterioro y las que no se utilizan pierden su utilidad. El uso y la degradación potencial de un espécimen ocurre desde que es incorporado a la colección, identificado, catalogado, almacenado temporal o definitivamente, movido de un lugar a otro, examinado y medido o manipulado de alguna manera. Para cumplir sus objetivos, las colecciones deben contener información de calidad que, entre otras cosas, depende de la exactitud, amplitud y conservación de los datos tomados en la recolección de los ejemplares y, más recientemente, de la existencia de bases de datos que ayuden a planificar las colecciones, hallar ágilmente los ejemplares y publicaciones, y que tengan expresión gráfica en sistemas de información geográfica.

Una Base de Datos es una colección o depósito de datos, con redundancia controlada y con una estructura que refleja las interrelaciones y restricciones existentes en el mundo real. Puede considerarse como una especie de archivero electrónico, puesto que es el lugar donde se almacena un conjunto de archivos de datos computarizados; no restringe su uso exclusivamente a archivos electrónicos en computadoras personales o estaciones de trabajo, pero el hecho de trabajar con grandes cantidades de datos y con muchas relaciones o vínculos entre ellos, hace que éstas sean utilizadas principalmente en este tipo de equipos; sin embargo, una lista taxonómica, también constituye una base de datos.

Las Bases de Datos Curatoriales pueden establecerse del tipo Entidad-Relación. El modelo Entidad/Relación fue propuesto por Peter. P, Chen en 1976, el cual es uno de los modelos de datos conceptuales más extendidos en las metodologías de diseño de bases de datos. Como su nombre lo indica el modelo Entidad/Relación esta centrado en dos conceptos fundamentales: entidad y relación. Entidad: Cualquier objeto (real o abstracto) sobre el cual queremos tener información en la base de datos. Relación o interrelación: Es la asociación o correspondencia entre entidades. Darwin Core es un conjunto de estándares desarrollado y promovido por la organización internacional TDWG (Biodiversity Information Standards) y utilizado por la red de GBIF para facilitar el intercambio de información sobre la diversidad biológica. Estos estándares incluyen un glosario de términos (columnas, campos) basados principalmente en los taxones y su presencia documentada en la naturaleza, ya sea mediante registros observacionales o a través de especímenes conservados en colecciones de historia natural. Existe una variante simple de Darwin Core que recoge una serie de términos de uso común en una amplia variedad de campos de la biodiversidad; son aquellos relacionados con la taxonomía, localización y eventos que documentan los registros biológicos en el planeta. De las versiones desarrolladas, el esquema utilizado actualmente por el GBIF para publicar datos corresponde a la versión Darwin Core 1.2 y Darwin Core 1.4.

Más información consultar:

http://www.ibiologia.unam.mx/pdf/directorio/c/cervantes/clases/masto/2012/Colecciones_Mastozoologicas.pdf

http://www.conabio.gob.mx/institucion/proyectos/doctos/Instructivo_BD_inventarios11.pdf

http://www.gbif.es/Recursos2.php http://www.recibio.net/home-i3b/

Diccionario para términos del Darwin Core 1.4

institutionCode Código o acrónimo oficial que identifica la institución que resguardael espécimen o que avala la información referida del ejemplar observado. Ejemplos: IBUNAM, MVZ, etc.

collectionCode Código o acrónimo oficial que identifica la colección que resguarda el espécimen o al conjunto de datos del ejemplar observado. Ejemplos: MEXU, CNM, aVerAves.

datasetName El nombre que identifica la base de datos del que procede el registro.

basisOfRecord Origen (de donde se obtuvo) del registro. Ejemplos: Ejemplar preservado, Ejemplar fósil, Organismo vivo, Observación.

occurrenceID Identificador único del espécimen o registro observado. En ausencia de este identificador único, construya uno en la forma:URN:catalog:[InstitutionCode]:[CollectionCode]:[CatalogNumber]. Ejemplo FMNH:Mammal:145732

catalogNumber Identificador (preferentemente único) del espécimen asignado por la colección o del ejemplar observado incluido en la base de datos.

recordedBy El(los) nombre(s) y el(los) apellido(s) de(de las) persona(s) que realizaron la recolección u observación del espécimen. Ejemplo: Pedro Tenorio L.

occurrenceStatus Indicación sobre la presencia o ausencia de un taxón en el área de recolecta u observación. Se debe utilizar el catálogo de vocablos controlados propuesto por el estándar.

individualCount El número de individuos, en el evento de recolecta u observación.

country Se recomienda el uso de un vocabulario controlado como el estándar Getty Geographical Thesaurus.

stateProvince Nombre del estado, provincia o división administrativa equivalente, en el cual el espécimen fue recolectado u observado.

municipality El nombre de la división administrativa menor al estado o provincia, (municipio, condado, etcétera) en el cual el organismo fue recolectado u observado.

locality Descripción detallada de la ubicación del lugar de recolecta u observación del espécimen.

decimalLatitude La latitud geográfica (en grados decimales utilizando el valor espacial de referencia dado por el geodeticDatum) donde se observó o recolectó el espécimen.

decimalLongitude La longitud geográfica (en grados decimales utilizando el valor espacial de referencia dado por el geodeticDatum) donde se observó o recolectó el espécimen.

scientificName Nombre científico asignado al espécimen. Corresponde al nombre asignado previo a la última identificación. Ejemplo: Mallos gregalis.

family Nombre de la familia. genus Nombre del género.

specificEpithet Nombre del epíteto específico.

infraspecificEpithet Nombre del epíteto infraespécifico.

taxonRank Categoría taxonómica específica del nombre científico. Se recomienda el uso de un vocabulario controlado Ejemplos: género, especie, subsp., var., forma.

scientificNameAuthorship Autor del nombre científico y año de publicación.